O edifício onde funciona a sede da Escola, foi outrora o Hospital e Igreja da Santa Casa da Misericórdia de Portalegre
De Arquitectura religiosa, renascentista. A Igreja de nave única formando, com o consistório adossado, o conjunto típico das misericórdias. Não tem fachada principal, em resultado, provável, da sua construção no lugar onde existia uma outra igreja, medieval, havendo que se adaptar ao organicismo urbano daquele tempo.
As primeiras instalações da Santa Casa da Misericórdia de Portalegre funcionaram provisoriamente na igreja de São João Baptista logo a partir da data de fundação desta instituição na cidade. Seguiu-se a construção de novo templo, bem como de um hospital, a curta distância deste. De acordo com a tradicional disposição das Misericórdias, foi construído um consistório adossado à igreja, dependência destinada às reuniões da antiga confraria.
A igreja possui dois portais laterais, e nenhum portal na fachada oposta ao altar-mor, que seria a fachada principal. No entanto, a construção, de planta longitudinal, encontra-se orientada no eixo N-S, e o portal Este, embora lateral, mantém-se de alguma forma como o portal de maior destaque, visto abrir para uma escadaria, no pequeno largo na Rua do Comércio. De resto, não se destacaria sobremaneira da portada oposta, que deita para o Largo da Misericórdia. Estes portais renascentistas muito clássicos constituem os elementos mais marcantes do exterior do templo. O primeiro, a Este, é constituído por vão de arco redondo por dois medalhões circulares no extradorso, e enquadrado por duas colunas lisas no terço inferior e estriadas dai para cima, erguidas sobre bases paralelepipédicas, suportando uma arquitrave lisa e um frontão. Este é vazado por um nicho de arco redondo, ao centro, encimado por uma concha de vieira, e rematado lateralmente por duas grandes esferas de granito. O segundo portal, a Oeste, igualmente rasgado em arco redondo ladeado por medalhões lisos, é enquadrado por pilastras molduradas e arquitrave lisa, sendo o frontão uma espécie de alusão, em jogo de invertidos, ao portal em eixo: o nicho que vazava o tímpano é agora o remate superior, e a vieira é nesta portada o ornato central. O conjunto é rematado lateralmente por urnas. As restantes fachadas não possuem elementos de destaque, registando-se apenas o óculo rasgado na fachada N., sobre janelão rectangular que ilumina o coro alto; a cabeceira situa-se a Sul. O corpo do Consistório, rectangular e alongado, parte da fachada E, e possui dois registos. A porta, de verga recta, rasga-se na fachada N., deitando para o topo da escadaria na Rua do Comércio, encostada já ao corpo da igreja, muito perto do respectivo portal.
A igreja é de nave única, com tecto de abóbada de berço e caixotões de alvenaria. O tramo do coro alto é constituído por arcada de três arcos redondos, colunas de fuste liso e capitéis clássicos. Ao consistório acede-se por uma porta junto ao portal Este, dando outra acesso à sacristia. Todo o interior se encontra despojado da maior parte da ornamentação; a cabeceira, tripartida, conserva pouco mais do que as arcadas do altar-mor e dos colaterais, todos de pouca profundidade. De destacar, desta ornamentação, os painéis de azulejos do início dos séculos XVII e XVIII, quando a igreja sofreu campanhas de obras de beneficiação e restauro, hoje recolocados na Igreja de São Lourenço de Portalegre.
Todo o recheio do templo foi vendido em 1922, e a partir desta altura o edifício serviu as mais diversas funções, desde sala de espectáculos a sede de um jornal local. Na actualidade, e após compra do conjunto pela Câmara Municipal, está aí instalado o Conservatório Regional de Música de Portalegre, funcionando nas suas dependências o Auditório.